Comenius egyik apai őse Magyarországról származott és Szegesnek hívták. Ő Komnában nőtt fel, szüleit - akik a protestáns, huszita hagyományokat ápoló, ügyeiket együtt intéző cseh-morva testvérek szektájának tagjai voltak - 13 évesen elvesztette. Életében ezután hányatott évek következtek, de sikerült elvégeznie a középiskolát, majd a hernborni és a heidelbergi egyetemen folytatott tanulmányokat. Korának gondolkodói közül nagy hatással volt rá az államférfi és filozófus angol Francis Bacon, az olasz tudós Tommaso Campanella és hernborni tanára, a német Johann Heinrich Alstedius.
Hazájába hazatérve a Morva Testvérek papjává szentelték, majd a morvaországi Fulnek városában lett lelkész és tanító.
A harmincéves háború kitörése után Comenius otthona elpusztult, ő bujdosni kényszerült. 1627-ben lengyel területen telepedett le, 1632-ben itt írta meg cseh nyelven Nagy oktatástanát, amelyet hat évvel később Didactica magna címmel latinul is kiadott. Több latin nyelvkönyvet is írt, s hozzákezdett panszofiája, a világot a maga teljességében leképező, összefüggő ismeretrendszer, "a tudományok tudományának" formába öntéséhez. Írásaiban az oktatás reformját, a fiatalok iskoláztatását, a nemzeti és az európai kultúra oktatását, az oktatási módszerek megújítását javasolta, hangsúlyozva a gyermekkor első éveinek fontosságát. Comenius hitt az ember nevelhetőségében, amit lehetségesnek és szükségesnek is tartott, szerinte nevelés nélkül a gyermekből "vadállat lenne, buta szörny vagy fajankó".
1641-ben Angliába hívták, de az ottani polgárháború kitörése meghiúsította az általa tervezett főiskola létrehozását. Ezután invitálták Franciaországba és a frissen létrehozott amerikai Harvard egyetemre is. Ő inkább Svédországot választotta, ám itt készült tankönyvei nem nyerték el megbízói tetszését.
1650-ben Lorántffy Zsuzsanna, I. Rákóczi György erdélyi fejedelem özvegye Sárospatakra hívta Comeniust, hogy segítsen újjászervezni a református kollégiumot. A protestánsoknak ugyanis égető szükségük volt jól képzett papokra és világiakra, hogy ellent tudjanak állni a Habsburgok ellenreformációs törekvéseinek. Comenius Patakon dolgozta ki a hétosztályú iskola (Schola pansophica) tervét, melynek minden osztályában koncentrikus, egyre bővülő körökként önmagában is helytálló, de fokozatosan bővíthető ismeretrendszert akart tanítani. Iskolamodelljének csak első három osztályát tudta kiépíteni, de itt ismerte fel egyebek mellett az anyanyelv oktatásának fontosságát, s itt írta az Orbis sensualium pictus (A látható világ képekben) című művét, a szemléltető oktatás úttörő kézikönyvét, valamint a nyolc iskolai drámát tartalmazó Schola Ludust, amelyben a drámajátékot hívta segítségül az egyes ismeretkörök elsajátításához.
1654-ben visszatért Lesznóba, ám mivel a svéd-lengyel háborúban ismét elpusztult otthona, 1656-ban német földre, majd Amszterdamba menekült. A város anyagi támogatásával készítette elő munkáinak gyűjteményes kiadását, s fejezte be az Egyetemes tanácskozás az emberi állapotok megjavításáról című nagyszabású, hétkötetes művét. Itt érte a halál 1670. november 15-én.
Comenius úttörője volt az általános, mindenkire kiterjedő népoktatás eszméjének, ő tette önálló tudományággá a nevelést. Meggyőződéssel hitte, hogy a társadalom jobbítható, ha megfelelő erkölcsi elvek mentén nevelik az ifjúságot. Pedagógiai elvei - tudatosság, szemléltetés, következetesség, rendszeresség, gondolkodásra nevelés -, a tananyag koncentrikus bővítésének elve, mely szerint az iskola minden fokán mindent kell tanítani, de fokozatosan bővülő terjedelemben, oktatásszervezési elképzelései (tanítási év, tanítási óra, osztályrendszer, életkorhoz igazított iskolatípus stb.) a modern oktatási rendszer alapjává váltak.